Ruh ile nefis mekanizmalarının ayrı şeyler olduğunda bir ihtilaf yoktur. Nefis, alem-i halktan olup, daha çok biyolojik bünyenin duygusal yanını temsil eden cismanî bir olgudur. Ruh ise, alem-i emirden gelen, başına şuur takılan ve harici bir vücudu olan bir muammadır.

Bununla beraber Kur’an’da bazen nefsin ruh anlamında kullanıldığını da görmekteyiz.

Kur'an'da nefs kelimesi, çoğulu olan enfüs ve nüfûs biçimleriyle birlikte, genellikle çeşitli varlıkların kendilerini belirtmek üzere kullanılır. Ama zaman zaman hayat ilkesi anlamında ruh, kalb ve iç anlamlarında kullanıldığı da görülür. Söz gelimi:

"Gelin... kendimizi (enfüsena) ve kendinizi (enfüseküm) çağıralım..." (Âli İmran, 3/61) ayetinde "kendimiz=lenfüsena" Hz. Peygamber (asv)'i, "kendiniz=lenfüseküm" ise Hz. İsa (as) hakkında tartışmaya kalkışan Hristiyanları dile getirilmektedir.

Kelime, "...sen benim nefsimde olanı bilirsin, ben senin nefsinde (nefsike) olanı bilmem..." (Maide, 5/I 16) örneğinde olduğu gibi altı ayette Allah'ı, bir ayette (Furkan, 25/3) ilahları, bir ayette de (En'am, 6/130) insan ve cin topluluğunu belirtmek üzere kullanılır. "Haydi canlarınızı, ruhlarınızı (enfüseküm) çıkarın..." (En'am, 6/93) ayetinde insan ruhunu karşılayan nefs kelimesi, diğer bazı ayetlerde "kötülüğü emreden" (emmâre) (Yusuf, 12/53), "kınayan/levvame" (Kıyamet, 75/2) ve "huzura eren/mutmainne" (Fecr, 89/27) nitelikleriyle kullanılır. "... Yusuf bunu içinde (nefsihi) sakladı..." (Yusuf,12/77) ve "...Allah içinizden (enfüseküm) geçeni bilir..." (Bakara, 2/235) örneklerindeki gibi kelime iç ve kalp anlamlarını karşılayacak biçimde de kullanılmaktadır.

Kur'an'daki kullanılışının da etkisiyle, Emeviler döneminden itibaren, nefs kelimesi yaygın biçimde ruh anlamında kullanılmaya başlandı.